美波多神社は、江戸時代承応年間に開発された新田村に、当時入植した村民が氏神として勧請され（現本殿左奥の三柱神社）その後、新田村開発の恩人加納直盛をして遺徳を顕彰するために、死後５４年目（享保１６年１１月７日）に勧請された加納神社（現本殿右奥）を合祀、現在も毎年１２月７日を加納祭として功績を偲び感謝をつづけています。
その後、明治４３年３月に村内東田原九頭神社、同中村國津神社、同小波田福田神社を合祀されて美旗地域の氏神（同じ土地に住む者はみな氏子）として現在の美波多神社となりました。
そのご祭神は、天照皇大御神・應神天皇・天児屋根命・加納直盛公・大山衹神・宇賀能御魂神・火之迦具土神・大物主神・建速須佐之男神・五男三女神・菊理比賣神・大綿津見神・菅原道真公・國津大神の神々であらせられ３５０数年来、私達の先人より祖先崇拝、自然崇拝の信仰をされてきました。
尚、平成２４年４月８日に第６回式年造営奉祝祭が盛大に執り行われました。